Perz należy do gatunków najbardziej konkurencyjnych dla roślin uprawnych. Szacuje się, że w Polsce stanowi zagrożenie na 80% gruntów ornych. W sezonie wegetacyjnym może wyprodukować na powierzchni 1 ha do 42 t świeżej masy. Żywe i martwe kłącza perzu wytwarzają substancje chemiczne, których toksyczne działanie powoduje zahamowanie wzrostu pszenicy i żyta. Chwast ten zakłóca również proces pobierania przez kukurydzę składników pokarmowych z gleby. Jest on również rośliną żywicielską dla szkodników (niezmiarka paskowana, ploniarka zbożówka, rolnica zbożówka) oraz gospodarzem grzybów chorobotwórczych (mączniak właściwy, rdza żółta, rdza źdźbłowa). Bardzo łatwo rozprzestrzenia się przez rozłogi pocięte podczas prac agrotechnicznych – nawet dwu-, trzycentymetrowe fragmenty wystarczają do rozmnażania.
Niszczenie perzu może być wykonane metodą mechaniczną, mechaniczno-chemiczną i chemiczną. Zwalczanie mechaniczne perzu wymaga wielu zabiegów. W tym celu można zastosować kilka metod:
Wyciąganie i usuwanie rozłogów
Na glebach lekkich niszczenie perzu zaczyna się od orki na głębokość większą niż sięgają rozłogi perzu i pozostawienie jej w ostrej skibie. Po przeschnięciu roli i rozłogów wyciągamy je kultywatorem i bronami na powierzchnię roli, po czym grabimy i wywozimy z pola. Zwalczanie perzu w ten sposób jest skuteczne pod warunkiem, że po żniwach nie ma opadów, które powodują odrastanie perzu. Kultywatorowanie pola bezpośrednio po orce nie sprawdza się, gdyż świeże rozłogi perzu ulegają wówczas rozrywaniu i spora ich ilość nadal pozostaje w glebie.
Pocięcie i głębokie przyoranie
Zwalczanie perzu tym sposobem, nazywane często metodą Wiliamsa, jest skuteczne zwłaszcza na glebach zwięzłych oraz w warunkach częstych opadów po żniwach. Niszczenie perzu rozpoczynamy od wykonania podorywki, po której przeprowadzamy dwukrotnie talerzowanie w celu pocięcia rozłogów perzu. Kiełkujące odcinki rozłogów perzu głęboko przykrywamy za pomocą pługa z przedpłużkiem.
„Zmęczenie” rozłogów
Zaperzone pole w okresie pożniwnym należy kilkakrotnie zaorać do różnej głębokości. Po każdym zabiegu pole pozostawiamy aż do ukazania się pędów nadziemnych perzu, po czym wykonujemy następną orkę. Prowadzi to do systematycznego wyczerpywania zapasów pokarmowych perzu i jego zamierania. Z reguły trzy- lub czterokrotne zaoranie pola wystarcza do skutecznego wyeliminowania perzu, przy czym ostatnią orkę powinniśmy wykonać na głębokość 25–30 cm.
Perz możemy także zwalczać za pomocą metody mechaniczno-chemicznej polegającej na wykonaniu po sprzątnięciu przedplonu podorywki, zabronowaniu jej i pozostawieniu do czasu zazielenienia się perzu. Kiedy perz osiągnie wysokość 15-20 cm (4-6 liści), należy wykonać opryskiwanie chemiczne.
Zwalczanie perzu metodą chemiczną najlepiej jest wykonać od połowy sierpnia do późnej jesieni, gdy perz osiągnie wysokość 10 – 25 cm i wytworzy co najmniej trzy liście. Pole należy zostawić beż podorywki po zbiorze zbóż i poczekać, aż perz osiągnie pożądaną wysokość. Można także wykonać głębszą podorywkę (koniecznie zabronować podorane pole) i poczekać na rozwój perzu. Wariant z podorywką jest skuteczniejszy: zapewnia ponad 90 procentową skuteczność zniszczenia perzu. Preparaty stosowane do zwalczania perzu są herbicydami dolistnymi o działaniu układowym. Pobierane są przez zielone części roślin (liście, zielone pędy), a następnie przemieszczają się po całej roślinie i docierają do jej części podziemnych (korzenie, rozłogi), powodując ich zamieranie. Stosowanie herbicydów na zbyt małe rośliny perzu jest niecelowe. Aby ich działanie było skuteczne, muszą wniknąć do roślin w odpowiedniej ilości, a do tego potrzebują określonej powierzchni zielonej chwastu.